あんまり纏まってないけど御勘弁を。
ちょっと前にこんなん書いたら、「そうだそうだ HTML でネイティブアプリ並の操作性なんて無理だ無理だ」みたいな反応を沢山貰いました。
そんなことは僕は全く思ってませんし、クロスプラットフォームで動作する快適な UI を作成する道具として HTML と JS を使うことは僕が深く興味を抱いていることです。
Facebook が「HTML を使ったのが失敗だった」と言っていたことが話題になりましたが、あれはどちらかというとまともな JS を書ける人を採用出来なかったという採用戦略の失敗の話だと思います。故によけい深い問題だとも言えるでしょう。
iPhone の UIWebView での JS の実行速度が遅い問題については近年よく知られるようになってきています。ですが実際のところ UIWebView においても JS の実行速度そのものが問題になることは殆どなく、不適切なループや DOM 処理が行なわれている結果遅い（つまり JIT が効こうが遅い）というのが殆どです（全てではない）。
なおゲームを中心として処理系の速度が問題となる事例がありますが、その際には JSX などをはじめとしていくつかの選択肢があります。これらのアプローチは「 JIT がやってたような最適化を JS へのコンバータにやらせる」というのが本質であると僕は理解しています。
iOS Android Windows などプラットフォームが乱立する中、なんだかんだで安心して各プラットフォームでコードを共通利用できるのはブラウザアプリだと僕は今のところ固く信じています。
「HTML + JS ではまともなアプリを作れない」という主張をしている各位は周囲にまともな JS を書ける人がいないだけだと思います。もうちょっと友達付き合いを広げてみるとどうでしょうかね。